Makrozoobentosinių organizmų bendrijų būklė, nusakanti vandens ekosistemos, o tuo pačiu ir kokybės būklė vertinama pagal daugelį indeksų.

Iki šiol vandens kokybės klasei nustatyti buvo naudojamas Biotinis indeksas, paremtas tuo, kad, didėjant užterštumui, išnyksta oligosaprobinės makrozoobentoso rūšys, prisitaikiusios gyventi deguonies prisotintame vandenyje. Didėjant vandens taršai, trūkstant deguonies, oligosaprobinės zoobentoso rūšys išnyksta, o jas pakeičia polisaprobai, prisitaikę gyventi ir didesnio užterštumo sąlygomis, pasitenkinančios minimaliu deguonies kiekiu. Tokie vandenys pasižymi deguonies mažu kiekiu, didele anglies dvideginio, baltymų bei angliavandenių koncentracija, juose intensyviai vyksta redukcijos procesai, dumble pasigamina geležies sulfatų bei sieros vandenilio.

Nuo 2005 m. be aukščiau minėto biotinio indekso bus skaičiuojamas Danijos indeksas upių faunai (DIUF) bei balų skaičiaus vidurkis pagal taksonus (Average Score per Taxon – ASPT). Abu indeksai nusako bendrą vandens kokybės ekologinę situaciją, ir yra pagrįsti taršai jautrių ir tolerantiškų rūšių gausumu.

Analizuojant makrozoobentosą yra tiriami tokie parametrai kaip gausumas (vnt/m2), biomasė (g/m2), rūšinė sudėtis, santykinis oligochetų kiekis.