Siekiant pagerinti vandens telkinių būklę ir/arba neleisti jai prastėti vandens telkiniams yra nustatyti vandensaugos tikslai ir priemonės jiems siekti.

2010 m. pabaigoje LR Vyriausybė  patvirtino Nemuno, Lielupės, Ventos ir Dauguvos UBR valdymo planus ir priemonių programas. Šiuo metu yra nustatyti vandensaugos tikslai visuose vandens telkiniuose. Sužinoti apie vandens telkinių būklę galite Lietuvos upių interaktyviame žemėlapyje.

Bendras vandensaugos tikslas yra pasiekti „gerą“ paviršinio ar požeminio vandens telkinių būklę iki 2015 m. „Gera“ vandens būklė reiškia artimą natūraliai, žmogaus veiklos nepaveiktai, būklę.

Vis dėlto, kadangi vandensaugos tikslų turi būti siekiama suderinant tiek aplinkosauginius, tiek ir ekonominius aspektus bei visuomenės poreikius, numatyta ir galimybių išimtims:

• Viena jų – galimybė „geros“ būklės pasiekimo terminą pratęsti (ilgiausiai iki 2027 m.), kai jos laiku pasiekti neleidžia techninės galimybės, neproporcingai dideli kaštai ar gamtinės sąlygos;

• Kita galima išimtis – galimybė siekti ne tokių griežtų tikslų dėl užterštumo masto, gamtinių sąlygų, neproporcingai didelių sąnaudų kitomis aplinkosauginiu požiūriu pranašesnėmis priemonėmis visuomenė negali gauti naudos, kurią atneša vandens telkinio nepageidaujamą būklę nulemianti žmogaus veikla.

Jeigu vandensaugos tikslus pasiekti trukdo telkinyje žmogaus atlikti fiziniai-morfologiniai pakitimai, vandens telkinį galima priskirti prie labai pakeistų. Pastariesiems keliami žemesni tikslai – pasiekti „gerą“ cheminę būklę ir „gerą“ ekologinį potencialą. Pažymėtina, kad labai pakeisti telkiniai išskiriami tik tuo atveju, jei:

• pageidaujamų tikslų, kuriuos padeda pasiekti vandens telkinio pakeistos charakteristikos, dėl techninių galimybių ar per didelių sąnaudų negalima pasiekti kitomis priemonėmis, kurios aplinkos apsaugos atžvilgiu būtų pranašesnės;

• telkinio hidromorfologinių charakteristikų pakeitimas, kuris būtų būtinas norint pasiekti gerą vandens būklę, turėtų reikšmingą neigiamą poveikį navigacijai, elektros gamybai, geriamo vandens tiekimui, apsaugai nuo potvynių, žemės sausinimui ir kitoms svarbioms subalansuotoms žmogaus veiklos rūšims.

Lietuvoje labai pakeistiems vandens telkiniams priskirta Klaipėdos sąsiauris,  tvenkiniai didesnio nei 0,5 km2 paviršiaus ploto, Merkio-Vokės kanalo atkarpa iki Cirvijos upės žiočių, Nemunas nuo Kauno hidroelektrinės iki žiočių, ištiesintos vagos mažo nuolydžio upės urbanizuotose teritorijose ir lygumose.

Nustatant vandensaugos tikslus itin svarbus visuomenės vaidmuo, jos vertybės, nuostatos. Vandensaugos tikslai derinami su įvairių sektorių – aplinkos apsaugos, sveikatos apsaugos, žemės ūkio, pramonės, rekreacijos ir kt. – institucijomis bei įvairiomis interesų grupėmis.