Merkys yra dešinysis Nemuno intakas ir yra ilgiausia Pietryčių Lietuvos upė. Merkio aukštupys Baltarusijoje drenuoja Ašmenos aukštumos pakraštį, kai kurie dešinieji intakai – Dzūkų aukštumos papėdes, bet didžioji baseino dalis plyti smėlingose Dainavos ir Vokės-Merkio vidurupio lygumose.
Kadangi paviršiuje paplitę smėliai (jie dengia 67 % baseino ploto), auga pušynai (miškingumas apie 40 %). Didžiausi miškų masyvai – Rūdinkų ir Gudų girios. Baseine yra 175 ežerai didesni kaip 0,5 ha (ežeringumas 0,9 %). Ežeringiausias yra dešiniojo Merkio intako Varėnės baseinas (ežeringumas 2,6 %), kuriame yra Daugų ežerynas. Didžiausi ežerai: Daugų (9,54 km2), Nedzingis (3,16 km2), Didžiulis (1,92 km2), Lavysas (1,62 km2), Glėbas (1,36 km2), Lielukas (1,14 km2), Suvingis (1,09 km2), Grūda (1,03 km2). Pelkės sudaro 10 % baseino ploto. Didžiausios pelkės: Čepkelių raistas (58,6 km2), Rūdninkų pelkė (5 km2), Kernavės pelkė (9 km2). Baseine vyrauja vandeniui laidūs gruntai.

Merkio pabaseinio pagrindinių upių ilgiai ir baseinų plotai:
|
Upė |
Vyresnė upė |
Ilgis, km |
Baseino plotas, km2 |
||
|
|
|
Bendras |
Lietuvoje |
Bendras |
Lietuvoje |
|
Merkys |
Nemunas |
203,0 |
185,2 |
4415,7 |
3781 |
|
|
|
5 - siena |
|
|
|
|
Lukna |
Merkys |
28,9 |
28,9 |
184,9 |
184,9 |
|
Šalčia |
Merkys |
75,8 |
65,0 |
748,9 |
596,2 |
|
|
|
8,8 - siena |
|
|
|
|
Spengla |
Merkys |
25,9 |
25,9 |
148,3 |
148,3 |
|
Verseka |
Merkys |
47,6 |
47,6 |
384,4 |
334,0 |
|
Varėnė |
Merkys |
47,7 |
47,7 |
410,8 |
410,8 |
|
Amarnia |
Merkys |
15,1 |
15,1 |
144,0 |
144,0 |
|
Ūla-Pelesa |
Merkys |
84,4 |
16,5 |
752,9 |
451,2 |
|
|
|
3,4 - siena |
|
|
|
|
Grūda |
Merkys |
36,2 |
36,2 |
248,4 |
239,0 |
|
Šalčykščia |
Šalčia |
19,1 |
11,3 |
117,9 |
68,7 |
|
|
|
4,9 - siena |
|
|
|
|
Visinčia |
Šalčia |
52,8 |
52,8 |
227,0 |
227,0 |
|
Nočia |
Ūla-Pelesa |
24,6 |
8,6 |
122,7 |
63,7 |
|
|
|
16 - siena |
|
|
|
|
Skroblus |
Merkys |
17,3 |
17,3 |
76,1 |
76,1 |


