Lietuvoje žuvų monitoringas vykdomas nuo 1993 metų įvairaus tipo ir eutrofizacijos lygio vandens telkiniuose: Baltijos jūroje, Kuršių mariose, specialiai parinktuose ežeruose (Dusioje, Tauragne, Plateliuose, Žuvinte) ir upėse (Žeimenoje, Būkoje ir Skroblyje). Kopuliacinių parametrų kontrolei parinktos rūšys, įeinančios į žuvų bendrijų branduolius: Baltijos jūroje – strimelė ir upinė plekšnė, Kuršių mariose, ežeruose ir upėse – kuoja ir ešerys, o upeliuose – margasis upėtakis ir paprastasis kūjagalvis.

Tyrimams pasirinkti pagrindiniai populiaciniai ir specialūs parametrai, kurie reprezentatyviai atspindi populiacijų būklę.

Monitoringo rezultatai parodo verslinės žvejybos, intensyvumo bei eutrofizacijos ir vandenų taršos poveikį žuvų bendrijoms, populiacijų kiekybiniams ir kokybiniams parametrams. Duomenys ir rezultatai svarbūs bendroje kompleksinio monitoringo ir analizės sistemoje.

Mokslinė medžiaga žuvų populiacinių parametrų kontrolei ir dinamikos analizei nustatytuose vandens telkiniuose renkama pagal vieningą tyrimų metodiką.

Tyrinėtuose vandens telkiniuose įvertinami šie ekologiniai parametrai: gylis (m), vandens temperatūra (0C), skaidrumas (m, pagal Seki diską), ištirpusio deguonies kiekis (O2 mg/l) ir prisotinimas (%), grunto struktūra (išskiriami 5 grunto tipai), vandens augalija (5 užaugimo tipai), upėms nurodomas apžvejotas plotas (ha) ir srovės greitis (m/s).

Bendra sugautų žuvų ichtiologinė analizė yra atliekama pagal visuotinai taikomus metodus (Правдин, 1966). Nustatomi žuvų ilgiai (L, l) masė (Q), amžius (T), lytis. Specialios analizės – gausumas (N), amžiaus klasė (AK), augimas (G), mirtingumas (A), populiacijų amžinė (K) bei matmeninė (K1) struktūros – atliekamos pagal Thoresson (1993) metodiką.

Sunkiųjų metalų koncentracijų žuvų audiniuose tyrimams medžiaga renkama ichtiologinių ekspedicijų metu. Ežeruose ir Kuršių mariose sunkiųjų metalų koncentracijų nustatymui paprastai imami kuojų ir ešerių audinių – raumenų ir kepenų mėginiai, upėse – kuojų, margųjų upėtakių raumenų mėginiai.

Sunkiųjų metalų – vario (Cu), cinko (Zn), chromo (Cr), nikelio (Ni), švino (Pb), kadmio (Cd) koncentracijos (mg/kg) žuvų audiniuose nustatomos Aplinkos apsaugos agentūros (toliau – AAA, ATD), Aplinkos tyrimų departamento (toliau – ATD) cheminės analizės skyriuje. Nustatymo metodai – atominės absorbcijos spektrometrija, indukuotos plazmos optinės emisijos spektrometrija.

Nuo 2004 m. AAA, ATD cheminės analizės skyriuje taikomi standartizuoti, ES sertifikuoti metodai. Taikomos naujos žemiausios sunkiųjų metalų koncentracijų nustatymo ribos (toliau – Mažiausia Nustatymo Riba – MNR).