Nors makrofitai nėra jautrūs momentiniams vandens kokybės pokyčiams, bet jautriai reaguoja į dideles apkrovas ir ilgalaikį antropogeninį poveikį. Be to šių augalų pokyčius lengviau registruoti negu judrių gyvų organizmų ir santykinai lengviau atpažinti lauko sąlygomis.
Makrofitų rūšių stebėjimai pradėti nuo 1993 m. Tauragno, Švento, Dusios, Platelių, Lūksto, Žuvinto, Balčio, Kirkilų ežeruose. 1998 m. Švento ir 2002 m. Tauragno ežeruose atlikti pakartotini tyrimai pastovių stebėjimų vietose.
Pagal Europos Vandens Direktyvos reikalavimus (European union, 2000) kiekvienos šalies vandens telkiniai turi būti suskirstyti į tipus. Kiekvieno vandens telkinio tipo monitoringas vykdomas ir ekologinė būklė vertinama panaudojant biologinius kokybės indikatorius. Ekologinė vandens telkinių būklė skirstoma į 5 klases: “labai gera”, “gera”, “vidutinė”, “bloga”, “labai bloga”. Pagrindinis Vandens Direktyvos tikslas – pasiekti, kad visi vandens telkiniai atitiktų bent jau “gerą” būklę.
Pagal Direktyvą vandens augalai yra vienas iš svarbesnių biologinių elementų, naudojamų ežerų ir upių ekologinės būklės vertinimui kartu su fiziniais cheminiais ir hidrologiniais parametrais. Taksonominė sudėtis ir gausumas yra svarbiausi makrofitų „bendrijų“ kokybės elementai.
Ežerų ir upių kokybės klasifikavimo ir vertinimo sistema pagal makrofitų etaloninį indeksą (RI) buvo sukurta ir pradėta taikyti Vokietijoje (Stelzer, Schnaider, Melzer, 2005; Meilinger, Schneider, Melzer, 2005).
Su Vandens direktyvos įgyvendinimo tikslais susieti makrofitų tyrimai Lietuvos ežeruose ir upėse pradėti tik nuo 2005 m. vadovaujantis minėtose publikacijose pateikta tyrimų metodika.
Priedai:
- 2000 metų tyrimų rezultatų analizės santrauka (Balčio ežere)
- 2000 metų tyrimų rezultatų analizės santrauka (Kirkilų ežere)
- 2001 metų tyrimų rezultatų analizės santrauka (Tauragno ežere)
- 2002 metų tyrimų rezultatų analizės santrauka (Alnio ežere)
- 2003 metų tyrimų rezultatų analizės santrauka (Rėkyvos ežere)
- 2004 metų tyrimų rezultatų analizės santrauka (Rubikių ežere)
- 2005 metų tyrimų rezultatų analizės santrauka
- 2006 metų tyrimų rezultatų analizės ataskaita
- 2007 metų tyrimų rezultatų analizės ataskaita
- 2008 metų tyrimų rezultatų analizės ataskaita
- 2009 metų tyrimų rezultatų analizės ataskaita


