Moksliniai tyrimai atliekami, siekiant įvertinti žuvų bendrijų struktūrą ir sudėtį Vakarų ir Rytų Lietuvos vandens telkiniuose bei įvertinti Vakarų ir Rytų Lietuvos upių ekologinę būklę pagal Lietuvos žuvų indeksą (LŽI), ištirti žuvų bendrijų būklę ir sudėtį Baltijos jūroje ir Kuršių mariose, įvertinant bendrijų rūšinę įvairovę, pagrindinių žuvų rūšių amžinę struktūrą, gausumo ir biomasės populiacinius parametrus bei įvertinti Baltijos jūros ir Kuršių marių būklę pagal žuvų rodiklius. Žuvys yra vieni pagrindinių biologinės kokybės elementų (nurodytų Europos Sąjungos Bendrojoje vandens politikos direktyvoje), patikimai atspindinčių žmogaus veiklos sąlygotus upių ekologinės būklės pokyčius. Žuvų populiacijų ir bendrijų struktūra bei sudėtis suteikia papildomos informacijos apie upių, ežerų ekologinę būklę, todėl tyrimų rezultatai padės nustatyti etaloninius Lietuvos vandens telkinius, suteiks papildomos informacijos nustatant priežastis, sąlygojančias ekologinės būklės pokyčius.