Fitoplanktonas, būdamas pirmąja grandimi mitybinių santykių grandinėje, greičiausiai reaguoja į aplinkos sąlygų pakitimus (ypač cheminę vandens sudėtį), todėl vienos ar kitos dumblių rūšies išplitimas planktone rodo tam tikrą telkinyje susidariusių sąlygų kompleksą bei vandens kokybės laipsnį.
Tiriant vandens telkinių fitoplanktoną algologijoje naudojamais metodais (LAND 53-2003, patvirtintas aplinkos ministro 2003 m. gruodžio 24 d. įsakymu Nr. 708) yra nustatoma planktoninių dumblių rūšinė sudėtis, ląstelių skaičius, biomasė, pateikiamos vandens kokybę indikuojančios rūšys, vertinama vandens kokybė. Kiekybiniai ląstelių skaičiavimai atliekami Goriajevo kameroje.
Upėse, kur fitoplanktono vertikalus pasiskirstymas sąlyginai yra tolygus, vanduo žinomo tūrio indu semiamas iš paviršinio sluoksnio, įmerkus uždarytą indą 0,15-0,20 m gylyje į vandenį, jį atidaryti, pripildyti ir uždarytą iškelti. Mėginys imamas iš upės vidurio.
Ežeruose ir vandens saugyklose imami dviejų tipų vandens mėginiai:
- vienkartinis mėginys – iš paviršinio vandens sluoksnio,
- sudėtinis mėginys - iš kelių mėginių.
Vandens kokybė nustatoma pagal:
a) fitoplanktono rūšinę sudėtį, išskiriant ekologiškai apibrėžtas rūšis pagal jų indikatorines savybes;
b) kiekvienos rūšies pasitaikymo dažnumą;
c) fitoplanktono ląstelių skaičių ir biomasę;
d) chlorofilo a koncentraciją.
Fitoplanktonas yra pagrindinis organinės medžiagos producentas ežeruose. Jo vystimosi intensyvumas nulemia ežerų biologinį produktyvumą ir vandens kokybę. Pirminė produkcija – vienas iš svarbiausių vandens telkinių trofinės būklės rodiklių.
Šiuo metu pagrindinė problema antropogeninė ežerų eutrofizacija – vandens telkinio trofinio lygio padidėjimas. Natūraliomis sąlygomis šis procesas vyksta lėtai, o esant intensyviam antropogeniniam poveikiui – greitai.
