Aplinkos ministerija (AM) organizuoja ekonominės analizės atlikimą ir metodiškai vadovauja šioje srityje, atlieka siūlomų priemonių ekonominį vertinimą, organizuoja priemonių, skirtų sąnaudų už vandens paslaugas susigrąžinimui, rengimą. AM koordinuoja, kad ministerijos ar kitų institucijų rengiamų planavimo, programavimo ir kitokio tipo dokumentų projektuose būtų atsižvelgta į vandens ir vandens telkinių valdymo UBR pagrindu įgyvendinimo poreikius bei koordinuoja kitų ministerijos padalinių ir ministerijai pavaldžių institucijų veiklą užtikrinant vandens ir vandens telkinių valdymo UBR pagrindu įgyvendinimą. Be to, AM inicijuoja ir koordinuoja tarpvalstybinių susitarimų dėl tarptautinių UBR valdymo rengimą.

     Lietuvos geologijos tarnyba prie Aplinkos ministerijos (toliau – LGT) atlieka panašias su vandens valdymu susijusias užduotis kaip ir Agentūra, tačiau susijusias tik su požeminiais vandens telkiniais. LGT atsakinga už požeminių vandenų monitoringą, apibūdinimą, žmogaus veiklos poveikio jiems vertinimą. LGT formuoja požeminių vandenų vertinimo sistemą ir juos vertina, išskiria rizikos telkinius ir jiems nustato vandensaugos tikslus, siunčia Agentūrai informaciją apie jos kompetencijoje esančius saugomus plotus. Trumpai apibendrinant, LGT rengia UBR valdymo plano ir priemonių programos dalį, skirtą požeminiam vandeniui ir teikia ją Agentūrai.

     Jūrinių tyrimų centras (JTC) atlieka su Kuršių marių ir Baltijos jūros pakrantės vandens telkiniais susijusias vandens valdymo užduotis. JTC atsakingas už Kuršių marių ir jūros pakrantės vandenų monitoringą, apibūdinimą, žmogaus veiklos poveikio jiems vertinimą. JTC formuoja minėtų vandens telkinių vertinimo sistemą ir juos vertina, išskiria rizikos telkinius ir nustato vandensaugos tikslus (bendradarbiaujant su Agentūra).

     Valstybinė saugomų teritorijų tarnyba prie Aplinkos ministerijos (VSTT) atsakinga už duomenų ir informacijos teikimą Agentūrai apie UBR esančias saugomas teritorijas (įskaitant buveinių ar paukščių apsaugai svarbias teritorijas), kurių būklė priklauso nuo vandens, ir tų saugomų teritorijų būklės vertinimą, vandensaugos tikslų nustatymą; priemonių vandensaugos tikslams šiose teritorijose pasiekti rengimą ir šios informacijos teikimą Agentūrai.

     Lietuvos hidrometeorologijos tarnyba prie Aplinkos ministerijos prognozuoja hidrologinį monitoringą ir hidrologinio režimą, vertina paviršinių vandens telkinių kiekybinę būklę ir žmogaus veiklos poveikį jai, teikia pasiūlymus vandensaugos tikslams, susijusiems su kiekybine paviršinių vandens telkinių būkle, bei pasiūlymus dėl paviršinių vandens telkinių priskyrimo rizikos grupei dėl kiekybinės būklės.

     Valstybinė aplinkos apsaugos inspekcija pagal kompetenciją rengia teisės aktų projektus, reglamentuojančius UBR priemonių programų įgyvendinimo kontrolę, koordinuoja ir kontroliuoja AM regionų aplinkos apsaugos departamentų veiklą įgyvendinant UBR priemonių programas.

     Pagrindinės Aplinkos ministerijos regionų aplinkos apsaugos departamentų (RAAD) atsakomybės sritys BVPD įgyvendinime yra šios: paviršinių vandens telkinių monitoringo vykdymas, monitoringo duomenų surinkimas, patikra ir jų perdavimas Agentūrai, paimamo vandens kontrolė, teršalų išmetimų (įskaitant pavojingas medžiagas) kontrolė, leidimų išdavimas teršalų išleidimui, pagrindinių vandens apsaugos ir valdymo problemų RAAD valdomoje UBR dalyje nustatymas, pasiūlymų ir pastabų dėl dirbtinių, labai pakeistų telkinių ir kitų paviršinių vandens telkinių išskyrimo, skirstymo į tipus, informacijos apie taikytų į priemonių programas įtrauktų priemonių poveikį paviršinių vandens telkinių būklei teikimas, UBR valdymo planų ir priemonių programų įgyvendinimo savo veiklos teritorijoje kontrolė.