Nors makrofitai nėra jautrūs momentiniams vandens kokybės pokyčiams, bet jautriai reaguoja į dideles apkrovas ir ilgalaikį antropogeninį poveikį. Be to, šių augalų pokyčius lengviau registruoti negu judrių gyvų organizmų ir santykinai lengviau atpažinti lauko sąlygomis.

Nuo 1993 m. makrofitų rūšių stebėjimai pradėti Tauragno, Švento, Dusios, Platelių, Lūksto, Žuvinto, Balčio, Kirkilų, Alnio ir Rėkyvos ežeruose. Pakartotiniai tyrimai pastovių stebėjimų vietose atlikti Švento ežere 1998 m. ir Tauragno ežere – 2002 m.

Ežero rūšių ir bendrijų įvairovė nustatoma plaukiant valtimi apie ežerą ir tose vietose, kur keičiasi augalijos pobūdis, atliekant rūšių inventorizaciją transektose. Transektoje, einant nuo pakraščio gilyn arba atvirkščiai, inventorizuojamos visos sutinkamos rūšys, nustatomas jų augimo gylis, surenkami augalų rūšių pavyzdžiai apibūdinimui laboratorinėmis sąlygomis. Aiškiai išsiskiriančiuose augalijos kontūruose atliekami bendrijų aprašymai, kuriuose rūšių gausumas vertinamas balais (5, 4, 3, 2, 1, +) pagal Braun – Blanquet skalę.

Pastovių stebėjimų transektoje atliekama detali rūšių inventorizacija kiekviename transektos metre (transektos ilgis atitinka tyrimų laukelių skaičių). Nustatomas kiekvienos augalo rūšies augimo gylis, gausumas (balais), fertilumas (0 – fertilių individų nėra; 1 – fertilių individų < 10%; 2 – fertilių individų > 10 %).

Transektų vietos pažymimos ežero plane. Stebėjimų transektose duomenys pateikiami duomenų bazėje ir ataskaitose.